本罪与在诸多方面均存在相似之处，表现在：其一，二者都侵害了国家机关正常的管理活动；其二，二者在客观方面都有可能表现为给黑社会性质组织制造生存发展机会，或者给黑社会性质组织进行违法犯罪活动提供可乘之机的行为；其三，二者的主体都是特殊主体，即都要求是国家机关工作人员。其主要区别在于：
（1）犯罪客体不同。前者侵犯的是复杂客体，其中，主要客体是正常的社会秩序，次要客体是国家机关的正常管理活动；后者侵犯的则是单一客体，即仅是对国家机关正常管理活动的侵害。
（2）客观方面要件不同。首先，前者之行为方式仅能表现为包庇黑社会性质的组织或者纵容黑社会性质组织进行违法犯罪活动的行为；后者则包括一切不履行或者不正确履行职务的玩忽职守行为。其次，前者系行为犯，只要有包庇、纵容行为，即可构成犯罪；后者系结果犯，在有玩忽职守的行为的同时，尚需发生造成公共财产、国家和人民利益重大损失的危害结果方可构成犯罪。
（3）主观方面表现不同。前者是故意犯罪；后者是。

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