如果被告认罪，但检察院表示证据不足，法院可能会考虑相关因素，如被告自白真实性、其他证据的可信度等。最终法院会根据证据充分性和法律规定来判断是否接受认罪并作出判决。

【法律解析】

当被告人在审判过程中主动认罪时，检察院必须负责提交证据以支持指控。然而，如果检察院表示证据不足，这表明其认为已有的证据无法充分支持指控。在这种情况下，法院会综合考虑以下因素：1. 被告的认罪自白：被告的认罪自白是否真实有效，对于法院判断案件事实及证据充分性具有重要意义。如果被告的认罪自白存在疑点或不符合其他证据，法院可能会对检察院的观点产生怀疑。2. 其他证据的可信度：除了被告的认罪自白外，法院还会审查其他相关证据的可信度和完整性。如果其他证据存在问题或不足以支持指控，法院可能会对检察院的观点表示怀疑。3. 法律规定和程序要求：最终，法院会参考相关的法律规定和审判程序要求来作出判断。法律对于证据充分性有一定要求，如对指控的证明必须能够承担起至少“合理怀疑”的责任。需要指出的是，如果法院还认为证据不足，即使被告人承认了罪行，法院也可能无法接受检察院的指控，从而判决被告无罪或作出轻于原指控的判决。最终的判决权在法院手中，法院将根据具体案件的事实、证据和相关法律规定进行综合判断。如果面临这种情况，请及时咨询当地专业律师以获取准确的法律建议和指导。

【法律依据】

《中华人民共和国》第四条　【法律面前人人平等】对任何人犯罪，在适用法律上一律平等。不允许任何人有超越法律的特权。