对此问题不可一概而论，需要具体问题具体分析。
    根据最高人民法院1996年10月17日发布的《关于适用〈全国人民代表大会常务委员会关于惩治虚开、伪造或非法出售增值税专用发票犯罪的决定〉的若干问题的解释》（下称《司法解释》）第2条最后一款的规定，变造增值税专用发票的，按照伪造增值税专用发票行为认定处理。但是现行对此行为如何认定处理没有明确规定。由于1997年刑法已在“附件二”中明确指出《关于惩治虚开、伪造或非法出售增值税专用发票犯罪的决定》（下称《决定》）已纳入刑法，该《决定》涉及刑事责任的条款已经失效，那么理论上言之，以该《决定》为前提的司法解释就当然应当失效。这就使得理论界与实务部门对“变造增值税专用发票”的行为如何处理产生了不同看法。一种意见认为：变造程度不大，以偷逃税赋或出售为目的，获取非法利益较大的，应以虚开增值税专用发票罪论处；变造程度较大，获取非法利益较大的，以伪造增值税专用发票罪论处。另有一种观点则仍然坚持了《司法解释》的观点，即认为，所有的变造增值税专用发票的行为都应视为伪造增值税专用发票的行为。
    笔者认为，前述观点虽然各有其合理性，但均存在明显不足。第一种观点考虑到了具体情况具体分析，但在区分“变造”与“虚开”性质问题上，主要以变造程度与获利多少来划分虚开还是伪造增值税专用发票罪，未能从本质上阐明“伪造”与“变造”的区别，故其说服力明显欠充分。第二种观点不加分析地将所有变造增值税专用发票的行为视为伪造行为，其思维方法显然失之简单。事实上，变造行为与伪造行为既有不同之处又有相同特征。不难理解，变造增值税专用发票，是指采用剪贴、挖补、拼凑等方法加以改造，其对象有二：其一，作为一种物质存在的增值税发票本身；其二，作为一种物质存在的增值税发票上已填开的内容。而伪造增值税专用发票，是指仿照增值税专用发票的基本内容、专用纸张、荧光油墨、大小形状等增值税专用发票本身的物理特征，使用印刷或复印等手段非法制造假增值税专用发票。两者的共同特征乃是“以假的增值税专用发票冒充真的增值税专用发票”。一般而言，伪造的本质特征在于“无中生有”，而变造的本质特征则是“二次加工”，即在已有的基础上进行加工改造。出于此种考虑，笔者不赞成前述两种观点。
    笔者认为，鉴于我国刑法已经实行罪行法定原则，而现行刑法和有效的司法解释又没有明确将变造增值税专用发票的行为规定为某种具体犯罪，因此，变造增值税专用发票的行为是否构成犯罪、构成何种犯罪，应当在现行法律框架下来加以综合考量。对此，我们的基本观点是：
    1．行为人仅仅实施了变造增值税专用发票而没有出售的，应依照罪行法定的原则不以犯罪论处；但是，如果有证据表明行为人具有出售变造的增值税专用发票主观意图的，可以根据具体情况按出售伪造的增值税专用发票罪的未遂来处理。
    2．行为人以出售牟利为目的变造增值税专用发票且将其出售的，可以按照出售伪造的增值税专用发票既遂论处。（刑法第206条）
    3．行为人以骗取出口退税或抵扣税款为目的变造增值税专用发票的，可以按虚开增值税专用发票罪论处。（刑法第205条）（因为此种情况下“变造”与“虚开”具有相同意义。虚开，既可以是无中生有的造假，也可以以“变造”的方式部分造假。可见，以变造的增值税专用发票骗取国家税款完全符合虚开增值税专用发票罪的构成要件）
    我们之所以持此种观点，是因为“伪造”增值税专用发票的社会危害性明显大于“变造”增值税专用发票，也正因为如此，立法者才将只有伪造增值税专用发票行为而并没利用其实施其他危害社会的行为规定为犯罪，而不将单纯的“变造”增值税专用发票行为规定为犯罪。这绝不是立法者的一时疏忽!而笔者主张将那些以进一步实施危害社会行为为目的的“变造”增值税专用发票的行为分别按出售伪造的增值税专用发票罪、虚开增值税专用发票罪论处，是因为此种情况下，“变造”与“伪造”和“虚开”具有了相同的刑法意义——即以假的增值税专用发票冒充真的增值税专用发票。换言之，此种情况下，无论是“变造”、“伪造”还是“虚开”，其性质均是以“造假”的方式危害国家税收制度，而这样来理解“变造”，完全符合刑法第205条、第206条中“虚开”与“伪造”的立法本意。