根据典第294条第4款的规定，包庇、纵容黑社会性质组织罪，是指国家机关工作人员包庇黑社会性质组织，或者纵容黑社会性质的组织进行违法犯罪活动的行为。在该罪的司法认定中，主要应当注意以下几个问题：
（一）犯罪主体特征的认定
1．犯罪主体范围与黑社会性质组织特征中的保护伞特征之间的关系
根据立法解释的规定，认定黑社会性质组织的第4个特征是：“通过实施违法犯罪活动，或者利用国家工作人员的包庇或者纵容，称霸一方，在一定区域或者行业内，形成非法控制或者重大影响，严重破坏经济、社会生活秩序”。这里使用的是“利用‘国家工作人员’的包庇或者纵容”，没有使用国家机关工作人员一词。而根据刑法典第93条的规定，我们知道国家工作人员和国家机关工作人员两个概念在外延上是存在很大差异的。刑法典第294条第4款和立法解释的规定的这种不一致是否属于矛盾？对不属于国家机关工作人员的其他国家工作人员包庇、纵容黑社会性质组织的行为应如何处理？笔者认为，这属于立法解释的疏忽，即过宽地解释了包庇、纵容黑社会性质组织的主体范围。我们知道，我国刑法上的国家工作人员（广义）有国家机关工作人员和其他一般国家工作人员之分。直接行使国家权力的大多就是国家机关机关工作人员，在国有公司、企业、事业单位、人民团体等国有单位中从事公务的人员虽然具有国家工作人员身分，但其行使的权力一般都不具有国家管理性质，难以有效地包庇、纵容黑社会性质组织。所以，应当与刑法第294条第4款一致，将立法解释中的“国家工作人员”修改为“国家机关工作人员”。对于一般国家工作人员包庇黑社会性质组织的行为，符合包庇罪的构成的，可以按照包庇罪论处。
2．作为犯罪主体的国家机关工作人员能否同时是黑社会性质组织的成员
包庇、纵容黑社会性质组织罪的犯罪主体为特殊主体，即国家机关工作人员。但其能否同时也是黑社会性质组织的成员？在这一问题上存在两种对立的主张：
（1）肯定说。有论者认为，包庇、纵容黑社会性质组织罪的主体只须系国家机关工作人员即可，至于其是否同时为黑社会性质组织成员，在所不问。如果实施包庇、纵容黑社会性质组织行为的国家机关工作人员同时具备黑社会性质组织成员身份的，则应以包庇、纵容黑社会性质组织罪与组织、领导、参加黑社会性质组织罪实行并罚。
（2）否定说。有论者认为，包庇、纵容黑社会性质组织罪的主体是黑社会性质组织成员以外的国家机关工作人员。
笔者赞同否定说。我们知道，包庇罪的犯罪对象是不能包括行为人自身在内的。就像盗窃犯不再对事后的销赃行为承担责任一样。在中，犯罪分子要对其参与的所有犯罪行为承担刑事责任，实行共同责任原则，共同犯罪人的行为同时就是行为人自己应承担刑事责任的行为。因而包庇罪的犯罪对象也不应包括共同犯罪人在内。黑社会性质组织尽管是一种特殊的有组织犯罪，但毕竟属于共同犯罪的范畴。所以，属于黑社会性质组织成员的国家工作人员不能成为包庇、纵容黑社会性质组织罪的主体。
（二）犯罪客观方面特征的认定
包庇、纵容黑社会性质组织罪的客观方面，表现为包庇黑社会性质组织，或者纵容黑社会性质的组织进行违法犯罪活动的行为。根据最高人民法院《关于审理黑社会性质组织犯罪的案件具体应用法律若干问题的解释》第5条第1款的规定，“包庇”，是指国家机关工作人员为使黑社会性质组织及其成员逃避查禁，而通风报信，隐匿、毁灭、伪造证据，阻止他人作证、检举揭发，指使他人作伪证，帮助逃匿，或者阻挠其它国家机关工作人员依法查禁等行为。可见，包庇行为表现为作为。根据解释第5条第2款的规定，“纵容”，是指国家机关工作人员不依法履行职责，放纵黑社会性质组织进行违法犯罪活动的行为。可见，纵容表现为不作为。
（三）犯罪主观方面特征的认定
关于包庇、纵容黑社会性质组织罪的罪过形式，我国刑法学界存在不同的看法，主要有以下主张：
1．间接故意 + 过于自信过失说。有论者认为，纵容黑社会性质组织的，既可能出于放任的故意心理状态，也不排除因玩忽职守、不尽职责的过失心理状态而导致放任的结果。
2．故意说。绝大多数学者都认为包庇、纵容黑社会性质组织罪只能出于故意。
我赞同故意说。表现为作为的包庇行为的故意特征体现得比较明显，关键在于表现为不作为的纵容行为的主观心理态度。“纵容”是国家机关工作人员不依法履行职责，放纵黑社会性质组织进行违法犯罪活动的行为，即明知自己有依法查禁黑社会性质组织及其违法犯罪活动的职责，却不予以查禁，放纵该组织进行违法犯罪活动。这种不作为在绝大多数情况下属于直接故意，但也不排除间接故意的可能。但不能是过失。间接故意与过于自信过失的一个重要区别就在于：在间接故意中，行为人对危害结果的发生并不持反对态度；而过于自信过失中，行为人对危害结果的发生是持否定态度的。对“纵容”黑社会性质组织的国家机关工作人员来说，黑社会性质组织顺利进行违法犯罪活动并不违反其主观意志，所以不属于过于自信的过失。