一是要义不同。认罪认罚从宽制度实质上
是案件处理制度；而企业刑事合规虽包含案件处理的内容，但主要是预防企业违法犯罪的一个机制，是刑事激励与企业内控的有机结合。
二是目的不尽相同。认罪认罚从宽制度的目的主要是既好又快地处理认罪认罚案件，化解社会矛盾，促进社会治理；而刑事合规的主要目的除了办好案件之外，更重要的还在于完善企业内控机制，进行除罪化改造，预防和减少违法犯罪，促使企业浴火重生。
三是价值不尽相同。认罪认罚从宽制度与企业刑事合规虽然都具有有利于预防和惩治犯罪、贯彻宽严相济刑事政策、优化司法资源配置、化解社会矛盾、促进社会治理等价值，但企业合规在促进经济高质量发展和更高水平对外开放、推进全面依法治国方面的价值，是认罪认罚从宽制度所不具有的。
同时，在办案效率上，二者也不相同：认罪认罚从宽制度的一大特点是程序从简，故提高效率是其重要的价值追求；而刑事合规虽能节约某些办案资源特别是侦查和法庭审理资源，却要对企业能否适用刑事合规进行调查分析，对可以适用的，还要对企业制定并实施合规计划情况进行较长时间的跟踪考察和监督评估，有些案件还要根据考察的情况才能对案件作出最终的处理，故效率不是其追求的价值。
四是工作重心不同。认罪认罚从宽制度的工作重心在办案本身，案结基本上事就了了；而刑事合规的工作重心除了办案之外，还在于案后对企业的源头治理，因而是末端治理与源头治理的有机结合。
五是犯罪治理的侧重点和方式不同。“认罪认罚从宽侧重于事后惩罚、消极预防，而刑事合规侧重于事前合规、积极预防”。
六是控辩协商的内容不尽相同。认罪认罚从宽制度控辩双方协商的内容主要是案件如何处理，其中重点是量刑，故其协商又称“量刑协商”。而企业刑事合规协商的内容除了案件如何处理之外，还有合规计划的制定和实施、监督考察机制的落实等内容。
同时，控辩双方对刑罚协商的程度也不尽相同：在认罪认罚从宽制度中，往往可以把刑罚协商得比较具体明确；而在刑事合规中，有些案件可以把刑罚协商得具体明确；有些案件可能只能协商个附条件的处理意见（例如在法律规定附条件不起诉制度之后）；有些案件可能只能协商一个幅度，由法院依法裁判。因为不少案件最终适用的刑罚，要受企业制定并实施合规计划情况这个变量的影响，如果案件处理意见过早完全定死，就会影响对企业合规行为的激励。
七是从宽幅度不同。企业刑事合规的从宽幅度应当明显大于单纯的认罪认罚，因为前者既认罪认罚，又制定并实施合规计划，具有两个表示改过自新、可以减少预防刑的情节。其认罪认罚可以从宽，制定并实施合规计划这一情节又可以从宽。
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