1、主观要件不同。本罪在主观方面表现为明知是军人且为逃离部队的军人而仍决意窝藏；而后者则为明知是犯罪者而决意窝藏。

　　2、犯罪对象不同。本罪行为的对象是逃离部队的军人。军人既可以是不构成任何犯罪的军人，又可以是构成犯罪包括逃离部队罪或他罪的军人，而后者则不一定是军人，既可以是军人，也可以是非军人，但必须是犯罪人。

　　3、时间要求不同。本罪必以发生在战时为构成必要；而后者则无这一要求。

　　4、客观要件不同。本罪属情节犯，行为必须达到情节严重的程度才有构成其罪；而后者则为行为犯，一般情况下，只要实施了窝藏行为，除非情节显著轻微危害不大的，都要以犯罪论处。情节严重则是其罪的一个加重处罚情节。

　　5、客体不同。本罪所侵害的客体是部队的作战秩序及其兵役制度，进而指向国家的国防利益；而后者则是通过妨害司法机关的正常活动进而破坏社会管理秩序。当然，行为人在战时所窝藏的逃离部队的军人如果构成了犯罪，包括其逃离行为已构成逃离部队罪或具有其他罪行，这时又牵连触犯窝藏罪，对之应当择一重罪即后者从重处罚。


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