理论界通行认为，本罪的犯罪主体为特殊主体，即对校舍或教育教学设施安全负有直接责任的人员。而且，还有不少学者指出，学校校长、分管校舍、教学设施的副校长、房产管理部门的负责人及其职工、维修部门的负责人及其职工、学校上级主管机关后勤工作的处长、负责学校后勤工作的职工以及各级人民政府中分管教育的领导和教育行政部门的领导等，都可以成为本罪的主体。我们认为，上述学者的观点值得推敲。对于本罪的主体问题，《刑法》第138条没有规定，但可以肯定的是，本罪的主体决不能是一般主体，而只能是特殊主体。因为，从“明知校舍、教育教学设施有危险，不采取措施或者不及时报告”的规定来看，本罪的行为方式只能是不作为，由于要认定不作为行为构成犯罪必须以行为人负有某种法律要求履行作为的义务为前提，而担负对校舍、教育教学设施存在的危险采取措施或者及时报告义务的不能是一般公民，因此，只有具有某种特定身份且担负着该种义务的人员才可以成为本罪的主体。那么，究竟哪些人员担负着该种义务呢?从《刑法》第138条的规定精神来看，这种人当然包括对校舍、教育教学设施安全负有直接责任的人员。但是，这里有两个问题值得研究：
    第一，学校及其他教育机构中的一般教师能否成为本罪的主体?对于该问题，多数学者没有论及，只有个别学者认为，一般来说，学校的教师不能成为本罪的犯罪主体。但有些教师，如实验室的教师，可以成为本罪的犯罪主体。我们认为，合理、科学解决该问题，应当建立在对本罪侵犯客体的正确把握之基础上，即应从什么人的不作为才可对本罪的客体造成损害的角度来具体准确地把握本罪的主体及其范围。对于本罪侵犯的客体的理解，目前在刑法理论界存在较大的观点差异：有的学者认为，本罪侵犯的客体是不特定多人的人身安全和教学安全及正常的教学秩序；有的学者认为，本罪侵犯的客体是学校及其他教育机构的正常活动和师生员工的人身安全；有的学者认为，本罪侵犯的客体是学校及其他教育机构的教育环境以及公众的生命、健康的安全，即公共安全。就第一、二两种观点来看，虽然其表述有所不同，但实质则是一致的，即本罪侵犯的客体在于从事教育教学、学习活动的广大师生的人身安全和学校及其他教育机构正常的教育教学秩序。我们赞同前两种观点，而认为第三种观点不够准确。因为，《刑法》第138条规定的“重大伤亡事故”不仅是构成本罪的客观方面必须具备的要件，而且从危害结果与犯罪客体的关系上看，两者之间是形式和内容、现象和实质的关系。危害结果的发生就表明了刑法所保护的某种合法权益受到损害，即犯罪客体受到损害。就教育设施重大安全事故罪而言，“重大伤亡事故”是本罪客体的表现形式和具体体现，而本罪客体则是该结果的实质内容。在学校或者其他教育机构中由于校舍、教育教学设施存在的危险而发生了“重大伤亡事故”，首先就意味着从事教育教学、学习活动的广大师生的人身安全受到了损害。其次，由于他们从事的是教育教学、学习活动，因此，在其人身安全受到损害的情况下，就必然会影响到学校及其他教育机构的正常教育教学秩序。这样看来，本罪侵犯的客体就只能是从事教育教学、学习活动的广大师生的人身安全和学校及其他教育机构正常的教育教学秩序，而不可能是别的。而且从刑法设立本罪的立法目的和宗旨，也可以得出这种结论（具体分析请参见下文的有关论述，恕此处不赘。）。而第三种观点，则存在着容易将本罪客体泛化为一般的公共安全的弊端。因为，不仅该观点中“公众的生命、健康安全”的提法有该种问题，而且其“教育环境”的用语，也存在着使人产生凡是学校及其他教育机构中的建筑、设施存在危险，有关责任人员不履行特定作为的义务而造成人员重大伤亡事故的，都会破坏学校及其他教育机构正常教育教学秩序的感觉。但是，某种合法权益或者社会关系要成为某种犯罪的客体，应当受到该种犯罪的直接侵害。事实是，只有学校及其他教育机构中直接用于教育教学活动或者直接服务于教育教学活动的建筑、设施（而并非所有的建筑、设施）存在危险，有关责任人员不履行特定作为的义务而造成重大伤亡事故的，才可能对学校及其他教育机构正常的教育教学秩序造成直接的损害。
    根据我们对本罪侵犯客体的理解，可以得出这样的结论，即凡是学校及其他教育机构中的人员，在明知校舍、教育教学设施有危险，负有采取措施或者及时报告之作为义务的人员，都可以成为本罪的主体。这些人员不仅包括对校舍、教育教学设施的安全负责的直接责任人员，也包括对正在学习的学生（这里所说的正在学习的学生，并非泛指在学校及其他教育机构学习的学生，仅指正在教室或者实验室学习的学生。）的安全负有责任的正在进行教学或管理活动的教师（包括正在给学生上课的教师和正在教室或者其他校舍内做学生工作的班主任或者其他进行教育教学管理工作的人员）。因为，虽然后者的主要职责是进行教学或者教育管理，但是，保障学生的人身安全也应是其履行的职责中的一项必不可少的内容。
    第二，对校舍、教育教学设施安全负有直接责任人员的具体范围如何?从目前论及该问题学者们的论述来看，基本上包括三种人：一是学校及其他教育机构中对校舍、教育教学设施安全负有直接责任的人员；二是主管学校及其他教育机构的教育行政机关中负责学校及其他教育机构校舍、教育教学设施安全的领导及其职工，各级人民政府中分管教育的领导；三是学校及其他教育机构的所属村、厂、系统的有关领导及其职工。我们认为，第二、三种人员，由于属于法律、法规要求对学校及其他教育机构的校舍、教育教学设施的安全负责的人员，因此，在他们明知其所属学校及其他教育机构的校舍、教育教学设施有危险的情况下，不采取措施或者及时报告，造成重大伤亡事故的，与教育设施重大安全事故罪的构成要件完全相符，理当成为本罪的主体。