两罪在客观方面存在相同之处，即都实施了“包庇”行为。其主要区别如下：（1）犯罪客体不同。前者侵犯的主要是正常的社会秩序；后者侵犯的则是司法机关惩治犯罪的正常活动。（2）犯罪客观方面要件不同。前者表现为包庇黑社会性质的组织，或者纵容黑社会性质的组织进行违法犯罪活动的行为；后者则表现为作假证明包庇犯罪人的行为。二者虽都有“包庇”，但含义不尽相同。在方式上，前者之包庇要广于后者，即不只限作假证明一种，还包括其他一切妨害有关机关查办、惩处、打击黑社会性质的组织的行为；在包庇对象上，前罪之包庇又要窄于后者，即仅限于黑社会性质的组织，不及其他犯罪组织或犯罪人；此外，后者之包庇必须系事后之帮助行为，易言之，若行为人与其所包庇的对象事前有通谋的，则应直接按其所包庇的犯罪人的共犯论处，后者则无此限，亦即无论行为人事先是否与黑社会性质的组织存在共谋，都可构成犯罪，若系事先有通谋的，则按想象竞合犯处理。（3）犯罪主体不同。前者的主体是特殊主体，即只有国家机关工作人员才可构成;后者则是一般主体，任何具有的自然人均可成为其主体。