根据《》第十三条以及最高人民法院、最高人民检察院、公安部（７９）法研字第２８号《关于执行刑事诉讼法规定的案件管辖范围的通知》的规定，管教干警强奸女犯的案件应当由公安机关立案侦查，但有下列情形之一的经上级检察机关决定，对案件有管辖权的检察机关可以直接立案侦查：

　１．公安机关不认为是犯罪，而检察机关认为已构成犯罪，并向公安机关提出应立案侦查的建议，公安机关仍不接受的；

　２．公安机关立案侦查有困难，而主动要求检察机关直接立案侦查的；

　３．上级检察机关及有关部门依法交办的。
 

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