军人叛逃罪与投敌叛变罪都有叛变的行为，在定罪上可能发生混淆。其主要区别有以下几点：
　（1）、军人叛逃罪侵害的是国防安全秩序，而投敌叛变罪所侵害的是国家安全秩序。
　（2）、军人叛逃罪表现为出逃到境外，叛逃后并不一定投靠具体的机构、组织，即使投靠也不是投靠敌对的机构、组织，而投敌叛变罪则不一定逃到境外，但必须有具体的投靠对象，而且这些投靠对象必须是敌对的国家、集团、机构、组织等。

更多关于军人叛逃罪相关问题详见http://www.scxsls.com/a/20110701/18745.html