擅离军事职守罪与逃离部队罪都有擅自离职的表现，在定罪上可能发生混淆。其主要区别有以下几点：
   （1）、擅离军事职守罪侵害的是军队的指挥和值班、值勤秩序，行为人所违反的是指挥和值班、值勤人员的特殊职责要求，而逃离部队罪侵害的是兵役秩序，行为人所违反的是现役军人依法服兵役的职责要求。
   （2）、擅离军事职守罪只能发生在指挥和值班、值勤过程中，行为人离开了特定的岗位，而且造成了严重后果，但并不要求行为人离开了部队，而逃避部队罪可以发生在任何时候，行为人必须离开部队，但并不要求客观上造成了严重后果。
   （3）、擅离军事职守罪的主体是指挥人员和值班、值勤人员，而逃离部队罪的主体是任何现役军人。
   （4）、擅离军事职守罪是，而逃离部队罪是故意犯罪。
    行为人在担负指挥工作或者在值班、值勤时逃离部队的，从形式上看只实施了一个逃离部队的行为，实际上他是先实施了擅离职守的行为，而后又实施了逃离部队的行为。因此，其前后两个行为如果分别构成擅离军事职守罪和逃离部队罪的，则应实行数罪并罚。

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