如果挪用公款90万元已经还清，仍然构成犯罪。具体罪名将会视情节轻重而定，可能属于或者等。

【法律分析】

挪用公款是指公务员或者其他国家机关工作人员以及企事业单位职员占有或者使用单位的公款或者其他财物的行为。如果挪用公款数额较大，触犯了相关法规，即使违法者后来进行了还款，也仍然构成犯罪。根据《中华人民共和国》的规定，挪用公款情节严重的，将面临3年以下、、等处罚；情节特别严重的，将面临3-10年有期徒刑的处罚。此外，如果被判定为贪污罪，则将面临更加严厉的刑事责任。需要注意的是，具体罪名将根据案件的情节轻重而定。例如，如果挪用的公款数额巨大，或者情节特别恶劣，可能会被认定为贪污罪，并面临更严厉的刑罚。

【法律依据】

《中华人民共和国刑法》
第三百八十四条 【挪用公款罪】国家工作人员利用职务上的便利，挪用公款归个人使用，进行非法活动的，或者挪用公款数额较大、进行营利活动的，或者挪用公款数额较大、超过三个月未还的，是挪用公款罪，处五年以下有期徒刑或者拘役;情节严重的，处五年以上有期徒刑。挪用公款数额巨大不退还的，处十年以上有期徒刑或者。挪用用于救灾、抢险、防汛、优抚、扶贫、移民、救济款物归个人使用的，从重处罚。