明知司机没有运营资格，还允许司机在平台注册，网约车的公司可能会承担相应责任。

一、如何处理？通常情况下，如果在行政执法过程中产生纠纷，可以向行政机关提出行政复议申请；对属于人民法院受案范围的行政案件，可以先向行政机关申请复议，对复议决定不服的，再向人民法院提起诉讼；也可以直接向人民法院提起诉讼。更多复杂的行政执法法律纠纷问题，建议咨询专业律师。

二、实务操作：建议尽快寻求律师介入。