1、犯罪主体不同。偷越国（边）境罪的犯罪主体是一般主体，无论中国公民、外国人还是无国籍人均可成为偷越国（边）境罪的犯罪主体；而军人叛逃罪的犯罪主体则只能是现役军人。

　　2、犯罪客观方面的具体表现形式不同。偷越国（边）境罪在客观方面表现为，违反国（边）境管理法规，偷越国（边）境，情节严重的行为；而军人叛逃罪在客观方面则表现为，在履行公务期间，擅离岗位叛逃境外或者在境外叛逃的行为。

　　3、犯罪侵犯的客体不同。偷越国（边）境罪侵犯的同类客体和直接客体都是国家对国（边）境的正常管理秩序；而军人叛逃罪侵犯的同类客体是我国的军事利益，直接客体是国家的国防安全和军人永不叛国的职责。