职务侵占案应该是哪个部门在处理

由公安机关进行立案追诉。
一、什么是职务侵占
公司、企业或者其他单位的人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有的行为就是职务侵占。
二、的立案标准
最高人民检察院、公安部《关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定（二）》中规定，第二百七十一条规定的职务侵占罪中的“数额较大”“数额巨大”的数额起点，按照本解释关于、相对应的数额标准规定的二倍、五倍执行。也即职务侵占罪的数额起点是3万元。
三、由公安机关管辖的案件
一般来说刑事案件都由公安机关管辖，但是另有规定的除外。也即除了由人民检察院立案侦查的贪污贿赂犯罪，国家工作人员的渎职犯罪，国家机关工作人员利用职权实施的非法拘禁、、报复陷害、非法搜查的侵犯公民人身权利的犯罪以及侵犯公民民主权利的犯罪和监察机关受理的贪污贿赂案件之外都由公安机关进行立案侦查。