根据第310条的规定，包庇罪是指明知是犯罪的人而作假证明包庇的行为。妨害作证罪与包庇罪存在一些相同之处，如犯罪主观方面都只能是故意而且只能是直接故意；两罪的行为都对司法机关正常的活动造成了侵犯；犯罪主体都是一般主体；等。但是，两罪的区别也是非常明显的，主要体现在以下几点：
    1．犯罪的直接客体有所不同。虽然两罪的直接客体都是简单客体，但前罪侵牙巳的是司法机关正常的诉讼活动；后罪侵犯的则是司法机关正常的刑事追诉和刑罚执行活动。
    2．犯罪客观方面的表现形式不同。前罪表现为以暴力、威胁、贿买等方法阻止作证或指使他人作伪证；后罪则表现为明知是犯罪的人而作假证明予以包庇。
    3．犯罪主观方面的要求不同。妨害作证罪刑法条文对其主观方面未作出特别的强调。而后罪在主观方面有一点是刑法条文特别强调的：即，行为人对于被包庇的对象必须明知其是犯罪的人，如果对此并不明知，而在客观上使犯罪人受到包庇的，不应构成包庇罪。
    虽然两罪存在上述明显差异，但在下述情形中，如何区分两罪仍然存在易混淆之处。行为人甲采用暴力、威胁、贿买等方法指使乙向司法机关作虚假证明，对犯罪分子进行包庇的，应该如何处理?
    我们认为，这里的关键是对乙的身份进行确认：
    第一，如果乙是证人、鉴定人、记录人、翻译人，并且乙为包庇犯罪人而对与案件有重要关系的情节作虚假证明、鉴定、记录、翻译的。这种情形其实是妨害作证罪和伪证罪的界限问题，前已述及，在此不赘述。
    第二，如果乙是证人、鉴定人、记录人、翻译人以外的人，并向司法机关作虚假证明包庇犯罪人的。此情形中，乙构成包庇罪应无疑问。但是，乙是在甲的指使下才实施包庇行为的，两人在主观上具备的故意，客观上实施了共同犯罪的行为，甲乙应构成共同犯罪。问题是，对这个共同犯罪应该以哪个罪定罪?是包庇罪还是妨害作证罪?前文在论及行为人采用暴力等手段指使证人、鉴定人、记录入、翻译人等作伪证构成共同犯罪应以何罪确定罪名时指出，对无身份者与有身份者共同实施真正身份犯时应以有身份者的实行犯触犯的罪名作为共同犯罪的罪名。但是，在这里，妨害作证罪和包庇罪的犯罪主体都是一般主体，不存在真正身份犯，无法适用上述理论。笔者初步认为，从立法沿革的角度看，妨害作证罪是1997年修订刑法时新增的犯罪，包庇罪早于妨害作证罪出现在刑法当中。若刑法没有规定妨害作证罪，对指使证人、鉴定人、记录入、翻译人以外的人作伪证，意图包庇犯罪人的，对指使人和被指使人应以包庇罪共犯论处。但现行刑法既然已将指使他人作伪证的行为单独设罪，就应以妨害作证罪定罪为宜。也即，在该情形中，对甲仍应以妨害作证罪定罪处罚；对乙则以包庇罪论处。但这也带来一个问题。根据刑法规定，妨害作证罪的法定最高刑为7年；而包庇罪的法定最高刑则为10年有期徒刑。对甲以妨害作证罪论处有放纵犯罪的嫌疑，但笔者在此已找不到更为妥当的处理办法，有待进一步研究。